A incubaero foi criada pelo programa de empreendimentos da FCMF – Fundação Casimiro Montenegro Filho que, além desse centro incubador, contempla outras iniciativas como o Laboratório de Desenvolvimento – LABTEC e o Centro de Competitividade e Inovação – CECOMPI, de forma a utilizar seu elevado potencial para a origem de novas idéias e projetos, visando a plena possibilidade de geração de riquezas.
Do ponto de vista formal, a incubaero é um empreendimento da FCMF com autonomia administrativa e financeira, sustentada por meio de Convênios de Cooperação entre CTA/ITA, FCMF, SEBRAE/SJC, CIESP/SJC e PMSJC.
É aberto também a entidades investidoras, tais como Fapesp, Finep, CNPq e outras.